让子弹飞的隐藏剧情一共有个，一、马拉火车，这一幕虽然看起来很奇怪，但是在历史上却是真实存在的。当时的人们还一时接受不了这种先进的技术，于是便有了不用蒸汽机而改用白马作为动力这一现象。这也表现出了一种“换汤不换药”的行为，即使搭建了轨道，拥有了火车，其内在动力仍然不变。这也反应了这部戏的结局，黄四郎虽然被打败了，可是鹅城的这种制度仍然存在，再继续往下走还是会出现下一个黄四郎。
二、冯小刚的葡萄酒，姜文曾经评价冯小刚：“电影应该是酒，哪怕只有一口，但它也得是酒。你拍的东西是葡萄，很新鲜的葡萄，甚至还挂着霜。小刚，你应该把葡萄酿成酒，不能仅仅满足于做一杯又一杯的鲜榨葡萄汁。”于是，冯小刚开头就手拿着葡萄酒出场了...
三、九十年的税，师爷在查了账簿之后发现前几任的县长把鹅城的税收到了90年以后了，也就是2010年，这一年，刚好是《让子弹飞》上映的年份。
四，两颗宝石，在老三，老四和黄四郎对持的时候，花姐将两颗宝石奉还给黄四朗，意思就是说老三和老四我都已经搞定了，但老二我没法搞定（因为老二是gay）。
五、师爷没有说完的话，师爷临死前对张麻子说他有两件事告诉他，但一件都还没来得及说就一命呜呼了。而这第一件事情是老二是他害死的；第二件事是花姐是卧底，而且他喜欢花姐。
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